大员海军在《1626海军发展计划》中放弃了以数字命名军舰的规则，将6个等级的军舰分别以战列舰，重巡洋舰，轻巡洋舰，驱逐舰，重新划分，其中1—3级军舰被统称为战列舰，4级军舰取消战列舰称谓改为重巡洋舰，5级战舰称谓轻巡洋舰，6级战舰称为驱逐舰。
到1627年中旬时，大员两洋舰队及特混舰队共拥有宁远级战列舰2艘，名将级战列舰4艘，旧式雷霆级重巡洋舰2艘，新型坚毅级重巡洋舰6艘，旧式甲型轻巡洋舰21艘，新型却敌级轻巡洋舰12艘，旧式驱逐舰32艘，新型夏波级驱逐舰24艘。
其中北洋舰队(第一舰队）下辖1艘宁远级战列舰宁远号，1艘雷霆级重巡洋舰雷霆号，2艘坚毅级重巡洋舰坚决号，坚定号，甲型轻巡洋舰15艘01—015号，4艘却敌级轻巡洋舰却敌号，对敌号，抗敌号，迎敌号，20艘旧式驱逐舰1—20号，7艘新式夏波级驱逐舰春波号，雪波号，潮波号，秋波号，雾波号，冬波号，海波号。
南洋舰队（第二舰队）下辖1艘宁远级战列舰定远号，1艘雷霆级重巡洋舰闪电号，2艘坚毅级重巡洋舰坚强号，坚实号，5艘旧式甲型轻巡洋舰016至021号，5艘却敌级轻巡洋舰退敌号，仇敌号，匹敌号，无敌号，胜敌号，旧式驱逐舰21—27号，6艘夏波级驱逐舰夏波号，雨波号，雷波号，浪波号，水波级，清波号。
特混舰队（直辖舰队）下辖4艘名将级战列舰，2艘坚毅级重巡洋舰，3艘却敌级轻巡洋舰，11艘夏波级驱逐舰。
特混舰队作为应对吕宋地区的西班牙舰队及可能的荷兰舰队而设立的一支特混舰队仅仅保持了2年编制，在吕宋被成功征服及荷兰人宣布与大员和谈后被海军部撤销了编制。