在郑锐答应出售的军火和100余名教官到达京师后，崇祯皇帝立刻下旨从勇卫营抽调部分骨干组成新的羽林卫，在郑瑞派出的教官的劝说下，羽林卫选用了郑锐军团的编制，兵力也达到了一个旅的规模（6240）还配备了一个标准的炮兵连8门火炮（2门12磅炮，4门6磅炮，两门3磅炮）
尽管组建羽林卫的消息不知何时泄露了并且遭到大臣们的激烈反对，但崇祯皇帝还是顶住了压力，并且不顾脆弱的财政压力，给予了羽林卫巨额的军费。
事实也证明，羽林卫也并没有让崇祯皇帝失望，在剿灭农民军时闯王李自成无奈地说出：但有羽林卫、勇卫营在，我等永无北阙。勇卫营在辽东战场也有过成功阻挡主力数倍于己的八旗军进攻的案例。而且相比旧式的勇卫营，在新军事思想和先进武器的武装下羽林卫每次作战的伤亡要更低，部队战力恢复要远快于勇卫营。但最终因为巨大的财政压力，祯皇帝企图组建更多羽林卫的计划破产了。
在勇卫营被农民军全歼后，羽林卫更是成为了明朝仅有的可战之兵。