分别了阿雅，小新几人继续出发旅行，小新几人遇到了阳阳玛，阳阳玛拿走了小智的帽子，小新几人追着阳阳玛来到了城镇，遇到了阳阳玛的训练家小广，了解到这只阳阳玛喜欢恶作剧，不太听广的话，小新几人教授了小广训练家的经验。小广经过自己的努力，随后可以指挥自己的精灵了。小广感谢了小新几人。
小新几人再次出发旅行，在路上，小新几人遇到很多训练家，小智和小新和这些训练家开始一场又一场的对战，小新几人过着很充实的日子。小新几人来到了一个城镇，城镇里面开始草系精灵的比赛大会，小智和小新参加了报名。
第二天城镇里面的比赛大会开始了，小智无比的自信开始接下来的比赛，小新自己倒是很冷静。小智派出了妙蛙种子和菊草叶赢得了一场又一次的胜利，小新的大竺葵取得压倒性的胜利，随后小智和小新打入了4强争夺战。
小智遇到了比赛的劲敌小实，最后惜败一招，小新轻松的取得了冠军。小智和小实交流一下，双方都相互鼓励，一起加油。
小新取得了冠军，得到了冠军的奖励叶之石。随后小新几人去到了精灵医院，检查了精灵的健康，好好休息了一晚，再次出发了。
小新一行人来到了一片果园，看着硕果累累的果园，小新几人快步来到了果园中，在这里遇到果园主人安珠，安珠的果园的果子被偷吃了，然后拜托小新几人和自己一起寻找罪犯。
小新一行人找到了皮丘，原来森林里面没有很多食物了，皮丘跑到果园里面来找食物，小新把皮丘一族收服，传送到了生态园。小新又派出了草系精灵帮助安珠收取水果，在一段时间后，果园的水果都采摘下来了，安珠为了感谢小新几人，请了小新几人吃饭，还送了一些水果给小新几人当做了酬谢。
小新几人开始了下个旅行，小新来到了一个咪利羊的牧场，在牧场里面遇到了牧场主人老爷爷，小新几人在牧场帮助了老爷爷照顾了一天咪利羊，老爷爷感谢小新几人，请小新几人吃了晚饭，让小新几人休息了一天。
第二天老爷爷为小新几人指导了路程，小新几人分别了老爷爷开始继续旅行，小新终于来到了圆朱市，圆朱市也非常繁华，小新几人逛花了眼。
小新一行人来到了圆朱市标志的玲玲塔，小新几人遇到很多训练家，在和训练家对战了解后，这个城市是一个文物历史丰富的城市，圆朱道馆在烧焦塔，小新几人来到了烧焦塔，看着眼前破败的塔楼，真不愧是烧焦塔。这名字取得没有什么问题。
小新几人进入烧焦塔，没走多久，就看到了一片火海，小智三人吓的慌乱逃跑着，小新一脸平静的说到。
“哥哥，小霞，小刚，这是幻觉，放出猫头夜鹰使用识破就可以了。”
随后小智放出了猫头夜鹰，使用了识破，小新几人面前出现了一群鬼斯，鬼斯通和耿鬼。小新几人刚准备击退鬼斯一族后，突然出现了一个训练家制止了对战。一番交流后，知道了这个训练家是道馆馆主小松。小智连忙发出了对战，小松告诉小新几人这里不是道馆场地，这里是用来劝解人们尊重历史的地点。
小智发现了和常磐市精灵医院墙壁上壁画凤王，然后小智说到。
“这是我们遇到过的精灵。”
“不可能，你看错了，你是绝不可能看到过凤王的。”小松反驳道。
“你这人怎么可以确定我没有看过，我和小新，小霞都看过了。”小智认真的说到。
“那更不可能了，凤王不想让人类看到，那从三百年前开始...。”小松说到。
小新几人听了这个故事后，沉默了一会。小松再次说到。
“你知道玲玲塔吗？那是重新建造的，这个烧焦塔才是以前的玲玲塔。”
小新几人了解到小松的事情后，小新几人不想再说了，随后小新几人来到了精灵医院，好好休息了一天。
第二天一大早，小新几人来到小松给的地址，开始准备道馆挑战。
道馆对战3V3，小智先开始了挑战，小松派出了鬼斯，小智派出了猫头夜鹰，小新查看了精灵数据。
精灵：鬼斯
性别：雄
资质：道馆
特性：漂浮
等级：24级
属性：幽灵、毒
技能：催眠术，舔舌头，痛苦，黑色眼光，咒语，黑夜诅咒，奇异光线，突袭。
精灵：猫头夜鹰
性别：雄
资质：冠军
特性：不眠
等级：38级
属性：一般、飞
技能：催眠术，食梦，啄，勇鸟，冲击，吼叫，识破，吵闹，反射壁，念力，回音。
小智的猫头夜鹰跟鬼斯打的有来有回，鬼斯的体力不支后，小智替换了猫头夜鹰，派出了火球鼠。
精灵：火球鼠
性别：雄
资质：天王
特性：引火
等级：15级
属性：火
技能：冲击，瞪眼，烟雾，火花，电光一闪。
小松的鬼斯之差一招就没有战斗能力了，小智利用了这个机会使用了电光一闪击败了鬼斯，小松放出了鬼斯通。
精灵：鬼斯通
性别：雄
资质：道馆
特性：漂浮
等级：35级
属性：幽灵、毒
技能：催眠术，舔舌头，痛苦，黑色眼光，咒语，黑夜诅咒，奇异光线，突袭，报复，影子球，食梦，恶波动，同命，噩梦，厄运降临等。
小智的火球鼠由于等级差距太多失去战斗能力，小智再次派出了猫头夜鹰，等级相差不大的2只精灵激烈的战斗起来，最后击败了鬼斯通。小松放出了耿鬼。
精灵：耿鬼
性别：雄
资质：天王
特性：漂浮
等级：66级
属性：幽灵、毒
技能：催眠术，舔舌头，痛苦，黑色眼光，咒语，黑夜诅咒，奇异光线，突袭，报复，影子球，食梦，恶波动，同命，噩梦，厄运降临等
小智的猫头夜鹰释放了识破后，由于等级相差太大，被耿鬼一招击败了。小智派出了皮卡丘。
精灵：皮卡丘
性别：雄
资质：三级神
特性：静电
等级：77级
属性：电、一般
技能：叫声，摇尾巴，电磁波、电光一闪、电击，十万伏特，影子分身，摔打，打雷等。
小松的耿鬼在被猫头夜鹰识破后，小智的皮卡丘连续的电击攻击后失去战斗能力。