第二天小智等人来到港口，坐着轮船到柚子岛屿去挑战道馆赛。
再快到了柚子岛，遇到了一个落水的小女孩和白海狮，小霞放出了海星星去救小女孩，小智放出乘龙，坐着乘龙去接小霞和小妹妹与白海狮。
救完了之后来到了柚子岛，小女孩跑到来迎接自己的哥哥。在一番交流后，小女孩的哥哥邀请小霞跳舞，然后两人交谈后，知道了他是道馆训练家阿义，阿义很喜欢小霞，最后向小霞告白。可是小霞最后没有接受，第二天对战开始，比赛3V3。
小智艰难的打赢了，轮到小新上场，直接一穿三，就这样小新和小智拿到了徽章。
小新一行人朝着4个徽章前进了，在前进路途中遇到了一个开着快船前进的训练家，快船激起海浪打湿了小新几人，在一番交流后，知道了快船上的训练家叫做小英，小英准备和小新与小智来一次精灵对战，就这样小新几人坐着小英的船，朝着旁边的小岛进发。
一段时间，小新几人来到了岛上，小智先和小英开始了对战，小新默默的打开看精灵数据。
精灵：皮卡丘
性别：雄
特性：静电
资质：三级神
等级：58级
属性：电、一般、格斗、地面
技能：叫声，摇尾巴，电磁波、电光一闪、电击，十万伏特，影子分身，摔打。
精灵：蚊香蛙
性别：雄
特性：潮湿
资质：天王
等级：69级
属性：水、格斗
技能：地狱翻滚，巴投，泡沫光线，催眠术，连环巴掌，爆裂拳，心之眼，健美，觉醒力量，破坏光线，守住，水枪，水炮等。
小智的皮卡丘和蚊香蛙等级差异太多，在一番激烈的对战后，皮卡丘被击败了。
“你的精灵可以逆属性战斗，没理由我办不到。”
小智派出了喷火龙对战蚊香蛙，喷火龙由于不听小智的命令，被蚊香蛙激怒了，最后蚊香蛙的水枪不小心攻击到了喷火龙尾巴的火焰，一招急冻光线把喷火龙冰冻了。
小智既然连忙过去看着喷火龙的伤势，小英自大的说到。
“等你可以命令喷火龙在来找我挑战吧。”
小英自顾自的走了，小新看不下去了，然后和小英来了一场对战，在小新绝对的优势下，一招击败了小英说到。
“世界是很大了，一个人不要自傲，要虚心的学习精灵的知识，比你强大的训练家还有很多。”
小英最后接受了小新的劝解，了解自己的实力说到。
“感谢小新你对我的劝解，让我认清了自己的实力，我会好好努力的。”
最近小英和小新几人分别了，小智担心的好好照顾着喷火龙，喷火龙回忆了和小智的经历，最后承认小智是自己的训练家，火箭队三人组再一次出来捣蛋，喷火龙在这一次学会了龙之怒击飞了火箭队，小智欣喜的看着自己的喷火龙。
在喷火龙几次的成长，找到了小英，喷火龙在自己实力提升下，终于击败了小英。小英也承认了小智的实力，在一番交流后，小新几人和小英分别了。
小新几人经过几天的旅行，来到了蜜柑岛了，在蜜柑岛上发现蜜柑岛上的城市着了很大的火焰，原来蜜柑岛上面失火了。小新一行人来到失火的地点，发现了很多杰尼龟，卡咪龟，水箭龟消防队在开始灭火，小智放出了杰尼龟，小霞放出了水系精灵，小新放出了快龙开始灭火，在小新使用了求雨技能，消防队的水箭龟一族和小新等人的努力下，火焰最后成功消灭了。
小新几人来到消防队参观了水箭龟消防队的训练，小智放出了杰尼龟好好学习，就这样杰尼龟和水箭龟一族有了很好的友谊。最后小新几人来到了精灵医院好好吃了晚饭，休息了一天后，在此启程了。
小新一行来到香橘岛，在岛上面呆了一段时间，刚想出发，大海波涛汹涌的，小新等人没办法出发，在岛屿里面开始了旅行。遇到想成为草药大师的少年，小智和草药大师少年开始对战，最后小智击败了草药少年，和一段时间后，海面平静了下来，小新几人开始了下个旅程。
小新一行人来到了最后一个道馆的岛屿榴柑岛，开始了最后的道馆挑战，在小智行人遇到了道馆训练家琉璃，小新几人开始道馆挑战。
道馆挑战是双打挑战，同时开始了2v2的挑战。道馆训练家琉璃派出了胡地和嘎啦嘎啦，小智派出了皮克丘和喷火龙，在一番激烈的战斗后，小智战胜了道馆训练家琉璃。
小新也开始了双打比赛，在小新绝对实力下，轻松的得到了胜利。最后在在琉璃道馆招待下，小新几人好好休息了一天，分别了琉璃道馆等人，在此启程了。
小新几人开始朝着橘子大会的柑橘岛出发了，在路途中小新几人遇到了一大群鲤鱼王朝着甜柑岛方向前进了，小新一行人也跟着鲤鱼王鱼群一起朝着甜柑岛出发，小新几人发现了鲤鱼王开始爬瀑布，小新估计是鲤鱼跃龙门，在小新几人见证下，一群鲤鱼王跃过了瀑布，爆发出了进化的光，鲤鱼王群体进化成为了暴鲤龙，小新几人看着进化的鲤鱼王兴奋的叫着。在甜柑岛休息了一天。小新几人继续开始了旅程。
小新几人来到了不知名的小岛，在岛屿上小新几人展开了训练，小霞遇到了一只蚊香蝌蚪，最后对战收服了蚊香蝌蚪，锻炼好的小新几人，出发了下一个旅程。
小新几人终于来到了橘子大会的柑橘岛了，橘子大会也开始了开幕会。小智和大木联络交换了精灵开始了橘子大会的对战了。
在一番对战后，小智和小新来到了四强争夺战，小智遇到了劲敌，橘子联盟首席训练家的小勇，展开了激烈的对决，小新轻松的击败了不知名的训练家，准备着和小智与小勇对决后的一人开始最后的冠军争夺战。