天气晴空万里，小新一群人在镇上钓鱼，突然水里出现了一只杰尼龟，朝着小新几人喷射水枪，幸好小新躲着快，不过小智几人被喷的湿透了，皮卡丘使出了十万伏特，小智三人被电着焦黑。皮卡丘还要朝着杰尼龟老大发射电击，不过被杰尼龟缩壳，再来一个旋转攻击撞到了。皮卡丘掉到水里了。
小新赶紧丢出比雕，把皮卡丘从水里捞出来，然后几个杰尼龟从后面捞绳子捆住了小智三人，小新命令比雕使出烈暴风，把绳子吹断了，杰尼龟看情况不妙，纷纷跑快了。
喵喵看到情况不妙，带着火箭队三组坐着热气球对着杰尼龟丢炸弹，小智保护了杰尼龟老大，结下了深厚的友谊，可是森林里发生了大火，君沙小姐没有办法。小新放出了比雕，使用求雨。一场大火就这样熄灭了。最后杰尼龟老大被小智收服了，而小新则把4只杰尼龟收服了。
又是一天，小新几人终于再次踏入了走在枯叶市的道路上。今天又是迷路的日子，小智凭借自己的力量收服了一只发育不良的大钳蝎。然后传送走了，由于知道一个训练家住能带6只，被传送走了，也没有什么好担心的。
小新一行人朝着正辉灯塔前进着，小新几人走到了灯塔门口，按了门铃，一番交流后，灯塔开门了，然后准备借用视频电话，小智先准备打起了电话，电话接通后。
“是小新，小智啊。”
“大木博士，我抓到的大钳蝎呢。”小智急忙说到。
“你说是那只发育不良的大钳蝎吧，我孙子也抓到了一只大钳蝎。”大木博士回话到。
“你说小茂也抓到了大钳蝎吗。”小智说到。
“对啊，小茂至今抓了几十只精灵了，小新也抓了很多精灵了。”大木博士说到。
“博士，我想培育精灵，和建立生态园，我准备把一些月之石准备交给你帮我出售。”小新说到。
“那好吧，小新，那你们加油啊。”大木博士说到。
然后博士和博士打完电话让正辉博士照顾小新几人，正辉博士穿着镰刀盔的布偶吓了小智三人一跳。小智帮忙把正辉博士从布偶里面解放出来。然后几人跟正辉博士交流一会，正辉博士原来想要研究古代精灵。
小新几人来到了灯塔楼顶，一番交流后，对面的巨大精灵呼唤声响起，正辉终于可以见到那只精灵了，不过火箭队三人不自量力的攻击那只精灵，被那只精灵一尾巴击飞了。
小新感觉这是个机会，骑着喷火龙偷偷跟了上去。
在一段距离后，小新跟着巨大快龙来到了一座小岛上，小新使用了探测查看了这只快龙的数据。
精灵：快龙
性别：雌
资质：三级神
特性：多重鳞片
等级：100级
实力：三级神中级
属性：飞、龙
技能：雷电拳，羽栖，暴风，火焰拳，卷紧，瞪眼，电磁波，龙之怒，龙之波动，龙卷风，龙舞，打到，高速运动，龙尾，水流尾，龙之冲锋，神秘守护，翅膀攻击，逆鳞，破坏光线。
看着这数据，小新也没有机会可以抓到，快龙栖息的地方，还有很多的迷你龙，哈克龙，还有一些精灵蛋，因该就是快龙族群的秘密地点了，现在没有实力，不好收服这群精灵。小新放弃了，还是自己先去慢慢提升实力吧。小新骑着喷火龙回去了灯塔，在灯塔里面又是休息了一天，准备朝着枯叶市前进。
又是几天过去了，小新一行人终于来到了枯叶市了，小新一行人先去精灵医院检查精灵了。
小新默默的查看了自己的精灵，准备打完这个道馆先和小智几人分别了，看了看自己三个精灵。
精灵：喷火龙
性别：雄
特性：猛火
资质：天王
等级：70级
属性：火、一般、龙
技能：利爪，嚎叫，火花，瞪眼，烟雾，鬼脸，龙之怒，合金爪，炎牙，热风，喷射火焰，闪耀冲锋，暗影爪，龙舞，龙之波动，翅膀攻击，劈开，炼狱，地球上投等。
精灵：比雕
性别：雌
资质：天王
特性：锐利目光
等级：72级
属性：一般，飞
技能：撞击，烈暴风，飞沙脚，吹飞，电光一闪，龙卷风，羽毛舞，高速移动，破坏死光，求雨，大晴天，影子分身，回转攻，神秘力量，睡觉，羽栖，钢翼，勇鸟，梦话，翅膀攻击，暴风，空气切割等。
精灵：大针峰
性别：雄
特性：狙击手
资质：天王
等级：65级
属性：虫、毒、飞
技能：虫咬，双针攻击，乱突，剑舞，高速移动，影子分身，吐丝，变硬，集气，愤怒，破坏死光，一字斩，火箭头槌，毒针，舍生攻击，百万吨吸收，阳光烈焰等。
小新打了自己的系统查看了自己的数据面板。
“姓名：小新
“性别：男
“称号：天王训练家，新手培育家
“能力：探测
“装备：无
“精灵：喷火龙，比雕，大针峰
“任务：击败剩下的道馆，每击败一场，抽奖一次。
“背包：精灵球X257 高级球X6 金钱一堆，月之石一堆，（小）资质药水X4
小新看着自己三只精灵，感觉自己的路途不在遥远，等打完这个道馆去找大木博士帮忙出售月之石，在叫大木博士找一块地方建立自己的培育店和生态园，创立自己的事业。
在精灵医院好多训练家被馆主打被打倒很惨小智想先挑战，分别用出了自己的精灵。
“去吧，皮卡丘，击败他。”
“去吧，雷丘。”
小新看了馆主的精灵和小智的精灵。
精灵：皮卡丘
性别：雄
特性：静电
资质：三级神
等级：40级
属性：电、一般、格斗、钢、飞、地面等...
技能：叫声，摇尾巴，电磁波、电光一闪、电击，十万伏特，影子分身，摔打等。
精灵：雷丘
性别：雄
特性：静电
资质：道馆
等级：50级
属性：电、一般、格斗、钢、飞、地面等...
技能：叫声，摇尾巴，电磁波、电光一闪、电击，十万伏特，影子分身，摔打，打雷，雷电拳等。
在小智和馆主一番对战后后，小智被雷丘秒杀了。小新看不下去了，然后使用了喷火龙挑战馆主，一上场对面的雷丘就直接被破坏了一招秒了，拿到了道馆徽章，小新带着小智去到了精灵医院。